《名偵探柯南》第13部劇場版《漆黑的追蹤者》再次將黑衣組織搬上了熒幕，柯南和黑衣組織大決斗的場景又來了，此次不僅有多起殺人事件，柯南是新一的身份也差點暴露，劇情高燃，高潮迭起，電影上映后收獲了很多人的喜歡，人氣不錯。
《漆黑的追蹤者》故事圍繞六起殺人事件展開，在東京、神奈、靜岡、長野等地死亡的人員有著很多相似之處，留在案發現場的麻將、被害人死亡的狀態，種種疑惑訴說著案件的古怪，因此各地的警察齊聚，要一起調查真相。
柯南通過小五郎身上的監控設備，加上山村唱七個孩子的兒歌，猛然發現了黑衣組織也被牽扯其中，下樓追蹤正好看到了琴酒的老爺車，殺人案件和黑衣組織一起出現，這背后肯定有不為人知的秘密。
在調查殺人案件的時候，柯南發現了貝爾摩德的身影，通過與貝姐的對話，柯南知道了黑衣組織中出現了一個叛徒，他還提出了一個關鍵性的人物愛爾蘭，關于組織內部的一個記憶卡如果泄露，受到的損失可想而知，柯南也需要找到記憶卡，不然他是新一身份曝光后，隨之而來的危險可想而知。
黑衣組織成員不僅能力出眾，武功和智商更是在線，愛爾蘭更是根據一些小細節發現了柯南和新一存在的聯系，通過指紋配對確認了柯南是新一，但他沒有將這個秘密告訴琴酒，愛爾蘭對琴酒有怨言，自己的義父死在了琴酒手中，他想用此籌碼來報復琴酒，可惜喪心病狂的琴酒，直接開槍打死了愛爾蘭，順帶著記憶卡也被銷毀。
柯南的身份保住了，而愛爾蘭臨死之前對柯南最后的話語是堅定的追查下去吧，算是反水黑衣組織，希望柯南能夠結束一切。這次劇場版的內容前后連貫，劇情高燃，一個又一個的高潮讓觀眾應接不暇，算是柯南和黑衣組織又一次交手，雙方各有收獲。
